با توجه به اهميت تحصيلات تکميلي در ارتقا کمي و کيفي موسسات آموزش عالي و در راستاي اهداف و ماموريت دانشگاه که همانا توليد علم، فناوري و تربيت نيروهاي متخصص در عرصه هاي گوناگون علمي است، دانشگاه شهرکرد فعاليت هاي آموزشي خود را در سطح تکميلي با پذيرش تعداد 5 دانشجو در سال تحصيلي 1379 در مقطع کارشناسي ارشد ناپيوسته مهندسي کشاورزي با گرايش اصلاح نباتات آغاز نمود.

مديريت وقت تحصيلات تکميلي آقاي دکتر اسماعيل اسدي بروجني تمام تلاش و همت خود را در راه فعاليت هر چه بيشتر اين واحد اعمال نمود و پس از آن آقاي دکتر نادر ساکنيان دهکردي و آقاي دکتر شهرام محمدي ده چشمه در راه توسعه و گسترش بيش از پيش تحصيلات تکميلي همت گماردند و اينک نيز آقاي دکتر ناصر شمس اسفند آبادي تمام تلاش خود را در جهت توسعه و گسترش رشته هاي تکميلي و دکتري تخصصي بکار گرفته اند تا در جهت علمي نمودن برنامه چشم انداز 20 ساله توسعه کشور گام بردارند.

واحد تحصيلات تکميلي دانشگاه با گذشت 9 سال تا کنون با همکاري و مساعدت هيات رئيسه محترم و دانشکده هاي مربوطه همچنان بيش از پيش مراحل رشد و توسعه سريع خود را طي مي نمايد و با جذب و بکارگيري اعضاي هيات علمي جوان، مجرب و متعهد توسط دانشگاه و اخذ مجوز ايجاد رشته و با برنامه ريزي هايي که تا کنون به عمل آورده و نيز در دست طرح و بررسي و تصويب قرار دارد، مراحل توسعه کمي و کيفي خود را طي مي نمايد.بر اساس برنامه چهارم توسعه کشور( پايان 1388) تعداد رشته هاي تحصيلات تکميلي به 42 رشته در مقطع کارشناسي ارشد و 7 رشته دکتري تخصصي برسد که تلاش اين مديريت بر آن است تا شرايط ايجاد اين رشته ها مهيا گردد.

دانشگاه شهرکرد در حال حاضر در 42 رشته و گرايش کارشناسي ارشد و 7 رشته دکتري تخصصي رياضي-جبر، خاکشناسي (چهارگرايش)، اصلاح نباتات، آبياري وزهکشي، تغذيه دام و فناوري هاي توليد مثل در دامپزشکي و بهداشت مواد غذايي و 4 رشته ديپلماي دامپزشکي، بهداشت و بيماري هاي طيور، بهداشت و بيماري هاي گاو و علوم دارويي دامپزشکي دانشجو مي پذيرد و جهت پذيرش 13 رشته کارشناسي ارشد و 10 رشته دکتري تخصصي ديگر با شوراي گسترش آموزش عالي مکاتبه و مذاکره نموده است.

مديران تحصيلات تکميلي از ابتدا تا کنون به شرح ديل بوده اند:

آقاي دکتر جهانگرد محمدي                              از 19/12/80 تا 12/7/82

آقاي دکتر اسماعيل اسدي                                از 12/7/82  تا  24/2/83

آقاي دکتر نادر ساکنيان                                  از 24/3/83 تا 23/8/84

آقاي دکتر شهرام محمدي                                از 23/8/84 تا 3/7/86

آقاي دکتر ناصر شمس اسفند آبادي                     از23/7/86 تا کنون

اعضاي شوراي تحصيلات تکميلي در حال حاضر به شرح ديل مي باشد:

1-دکتر غلامرضا عرب ماركده                              معاون آموزشي و تحصيلات تکميلي دانشگاه

2-دکتر بهزاد شارقي                                        معاون پژوهشي دانشگاه

3- دکتر ناصر شمس اسفند آبادي                     مدير تحصيلات تکميلي دانشگاه

4-دکتر محمود خدام باشي                              نماينده رياست محترم دانشگاه در شوراي تحصيلات تکميلي دانشگاه

5-دکتر محمد حسن طباطبايي                        معاون پژوهشي و تحصيلات تکميلي دانشکده کشاورزي دانشگاه

6-دکتر جهانگيرصفري                                  معاون تحصيلات تکميلي دانشکده ادبيات و علوم انساني دانشگاه

7-دکتر بهزاد قاسمي                                     مدير تحصيلات تکميلي دانشکده فني و مهندسي دانشگاه

8-دکتر سعيد حبيبيان                                   معاون پژوهشي و تحصيلات تکميلي دانشکده دامپزشکي دانشگاه

9-دکتر ابوالفضل سمناني                              معاون پژوهشي و تحصيلات تکميلي دانشکده علوم پايه دانشگاه

10-دكتر هرمز سهرابي                                  معاون آموزشي و پژوهشي دانشکده منابع طبيعي و علوم زمين