آزمایشگاه شیلات 1: در این آزمایشگاه مطالعات مربوط به میکروبیولوژی، فیزیولوژی آبزیان و ماهی‌شناسی انجام می‌گیرد. برخی از کاربری‌های این آزمایشگاه به شرح زیر می‌باشد: مطالعات هماتولوژی ماهیان، شناسایی گونه‌های آبزی و طبقه‌بندی آن‌ها، تشریح و بیومتری ماهیان، فیزیولوژِی تولیدمثل و دستگاه گوارش، سنجش متابولیت سرم ماهیان، تعیین فلور میکروبی ماهیان و میکروبیولوژی محیطی

آزمایشگاه شیلات 2: در این آزمایشگاه واحدهای عملی دروس هیدروشیمی، هیدروبیولوژی، اکولوژی کفزیان و لیمنولوژی برگزار می‌گردد. برخی از کاربری‌های تحقیقاتی این آزمایشگاه به شرح زیر می‌باشد: نمونه‌برداری از آب و زیستمندان آبزی، تعیین تنوع و تراکم فیتوپلانگتون‌ها، زئوپلانکتون ها، پریفیتون ها و بنتوزها، تعیین سطوح تروفی اکوسیستم‌های آبی و اندازه‌گیری کلروفیل a، بررسی و تعیین فاکتورهای فیزیکو – شیمیایی و آلاینده‌های آب

آزمایشگاه ژنتیک آبزیان: این آزمایشگاه در دست آماده‌سازی و تجهیز می‌باشد ولی به کمک امکانات موجود در آزمایشگاه مرکزی دانشگاه شهرکرد درزمینهٔ ژنتیک آبزیان فعالیت می‌نماید. برخی از کاربری‌های تحقیقاتی و عملی این آزمایشگاه به شرح زیر می‌باشد: مطالعات ژنتیک جمعیت و بوم‌شناسی مولکولی، بیوتکنولوژی مولکولی آبزیان، مطالعات متابلومیکس و ژنومیکس آبزیان، عقیم‌سازی و تغییر جنسیت ماهیان.

آزمایشگاه تکثیر و پرورش ماهیان زینتی: در این آزمایشگاه امکانات و تجهیزات لازم جهت تکثیر و پرورش ماهیان زینتی، غذای زنده و زالوی طبی جهت فعالیت‌های تحقیقاتی و آموزشی جمع آوری شده است

سالن آبزی‌پروری: سالن آبزی‌پروری گروه شیلات در فضایی به مساحت تقریبی 12۰ مترمربع به‌صورت مسقف که آب آن از یک حلقه چاه تأمین می‌گردد، احداث شده است. در این کارگاه مطالعات مربوط به تکثیر و پرورش ماهیان صورت می‌گیرد. در حال حاضر در این سالن 20 تانک با حجم آبگیری 400 لیتر، 15 وان 300 لیتری و ۱5 مخزن 150 لیتری وجود دارد. همچنین بخش تکثیر این سالن مجهز به 5 تراف و 30 آکواریوم 20 لیتری می باشد.

​​​​