دانشکده کشاورزی که با هدف تأمین نیروی انسانی متخصص و کارآمد در رشته‌های مختلف کشاورزی در سال 1369 (1990میلادی)   تأسیس شده، قدیمی‌ترین و به نوعی هسته‌ی اول تشکیل دانشگاه شهرکرد است که دارای امکانات آموزشی  شامل آزمایشگاه‌های مختلف، سایت کامپیوتر و سایت GIS ،گلخانه، واحد دامپروری‌ است. از سال 1372 به تدریج رشته های کارشناسی ناپیوسته مهندسی تولیدات گیاهی، مهندسی تولیدات دامی،‌ مهندسی آبیاری و مهندسی ماشینهای کشاورزی و کارشناسی پیوسته مهندسی خاکشناسی در این دانشکده دایر گردید.

در سال 1378 در مقطع کارشناسی پیوسته مهندسی ماشینهای کشاورزی و در سال 1379 در مقطع کارشناسی ارشد اصلاح نباتات پذیرش دانشجو صورت گرفته است. دانشکده کشاورزی قدیمی ترین دانشکده در دانشگاه محسوب شده که با هدف تأمین نیروی انسانی متخصص و کارآمد در رشته های مختلف کشاورزی تأسیس شده است. این دانشکده در حال حاضر در مقطع کارشناسی ارشد در 10 رشته گرایش و در مقطع دکتری در 3 رشته و 6 گرایش دانشجو می پذیرد. دانشکده کشاورزی در حال حاضر دارای حدود 70 عضو هیأت علمی  ، 42  استادیار، 18 دانشیار و 10 استاد تمام و با بیش از 1700 دانشجو در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری تخصصی است.

دانشکده کشاورزی دارای 15 آزمایشگاه مختلف و یک آزمایشگاه تحقیقاتی می باشد.